ภายหลังจากแผนการบริหารราชการแผ่นดินจัดทำแล้วเสร็จ และนายกรัฐมนตรี คณะรัฐมนตรีเห็นชอบแล้ว จะต้องประกาศราชกิจจานุเบกษา จะมีภารกิจที่สำคัญคือ ส่วนราชการจะต้องดำเนินการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี และแผนปฏิบัติราชการประจำปี ซึ่งเป็นไปตามพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ.2546 มาตรา 16 โดยในส่วนของแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี ซึ่งต้องสอดคล้องกับแผนการบริหาราชการแผ่นดิน จะต้องจัดทำให้แล้วเสร็จภายในหกสิบวัน นับแต่วันที่แผนการบริหารราชการแผ่นดินประกาศราชกิจจานุเบกษา
        สำหรับเนื้อหาของเอกสารประกอบด้วย บทนำความเชื่อมโยงกับแผนระดับชาติ และระดับสากล การวิเคราะห์สภาพแวดล้อมภายนอกและขีดความสามารถภายใน (SWOT Analysis) วิสัยทัศน์ ค่านิยมองค์การ พันธกิจ ประเด็นยุทธศาสตร์ เป้าประสงค์ ตัวชี้วัด/เป้าหมาย กลยุทธ์ หน่วยงานรับผิดชอบ งบประมาณ โครงสร้างหน่วยงานในสังกัดกระทรวง และแนวทางการติดตามและประเมินผล