ภายหลังจากแผนการบริหารราชการแผ่นดินจัดทำแล้วเสร็จ และนายกรัฐมนตรี คณะรัฐมนตรีเห็นชอบแล้ว จะต้องประกาศราชกิจจานุเบกษา จะมีภารกิจที่สำคัญคือ ส่วนราชการจะต้องดำเนินการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี และแผนปฏิบัติราชการประจำปี ซึ่งเป็นไปตามพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ.2546 มาตรา 16 โดยในส่วนของแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี ซึ่งต้องสอดคล้องกับแผนการบริหาราชการแผ่นดิน จะต้องจัดทำให้แล้วเสร็จภายในหกสิบวัน นับแต่วันที่แผนการบริหารราชการแผ่นดินประกาศราชกิจจานุเบกษา